はじめに
仕事で作成させていただいたWebアプリで使っているMySQLが頻繁に突然停止しているという現象が続いていました。Webアプリへのアクセスに時間がかかることも気になっていました。
少なくとも稼働当初はMySQLが突然停止するなんてことはなかったはずですし、Webアプリへのアクセス時間もいたって普通だったと記憶しています。
件のVPSはRailsアプリとWordPressの両方を稼働させているので、リソースが足りなくなってメモリリークを起こしているのかと思っていました。そうだとすると、VPSの性能を上げるかRailsアプリとWordPressでVPSを分けるしかありませんが、現環境でできることはないかと思い、設定周りを調べてみることにしました。
環境
- CentOS Linux release 7.7.1908 (Core)
- mysql Ver 14.14 Distrib 5.7.28
- PHP 7.2.25
原因を探る
まずは突然停止する原因を探るために、VPSでCPUやメモリの使用率を調べてみました。
topコマンドを実行したあと、Shift+mでメモリ使用率を確認します。
$ top
top - 13:44:23 up 278 days, 2:25, 2 users, load average: 0.01, 0.10, 0.09
Tasks: 122 total, 2 running, 120 sleeping, 0 stopped, 0 zombie
%Cpu(s): 0.0 us, 0.0 sy, 0.0 ni, 99.7 id, 0.3 wa, 0.0 hi, 0.0 si, 0.0 st
KiB Mem : 498796 total, 6404 free, 430668 used, 61724 buff/cache
KiB Swap: 2097148 total, 113572 free, 1983576 used. 54348 avail Mem
PID USER PR NI VIRT RES SHR S %CPU %MEM TIME+ COMMAND
23688 nginx 20 0 448916 43884 2648 S 0.0 8.8 30:03.44 php-fpm
23707 nginx 20 0 451032 43136 356 S 0.0 8.6 29:58.56 php-fpm
23689 nginx 20 0 448488 42940 284 S 0.0 8.6 29:49.35 php-fpm
23708 nginx 20 0 449152 42872 328 S 0.0 8.6 30:02.65 php-fpm
23713 nginx 20 0 450944 42700 288 S 0.0 8.6 29:47.66 php-fpm
23712 nginx 20 0 448888 42412 296 S 0.0 8.5 29:46.59 php-fpm
23717 nginx 20 0 450912 38696 288 S 0.0 7.8 29:43.92 php-fpm
23718 nginx 20 0 449088 36432 216 S 0.0 7.3 29:59.10 php-fpm
31275 mysql 20 0 1156332 8900 824 S 0.0 1.8 1:15.04 mysqld
23716 nginx 20 0 448948 1968 212 S 0.0 0.4 29:51.01 php-fpm
1841 user 20 0 116692 1832 268 S 0.0 0.4 0:00.04 bash
1 root 20 0 191188 1800 796 S 0.0 0.4 23:59.56 systemd
1838 root 20 0 158872 1660 328 S 0.0 0.3 0:00.02 sshd
てっきりMySQLのメモリ使用率がバカ高いのかと思ったら、php-fpmが大量に存在していてひとつひとつがそれなりにメモリを食ってました。
php-fpmはサーバー上でPHPを動かすためのもので、現環境ではWordPressを稼働させるために入れています。
なんとなく原因がわかった気がするので対処していきましょう。
対処
MySQL
MySQLのメモリ周りのことを調べると、table_definition_cacheやperformance_schemaという設定のことが出てきます。
table_definition_cache：テーブル定義を入れるためのキャッシュ領域performance_schema：サーバーのチューニングに役立てる情報を提供する（らしい）
現在の設定値はどうなっているか確認してみます。
$ mysql -uroot -p
mysql> show variables like 'table_definition_cache';
+------------------------+-------+
| Variable_name | Value |
+------------------------+-------+
| table_definition_cache | 1400 |
+------------------------+-------+
1 row in set (0.02 sec)
mysql> show variables like 'performance_schema';
+--------------------+-------+
| Variable_name | Value |
+--------------------+-------+
| performance_schema | ON |
+--------------------+-------+
1 row in set (0.01 sec)
table_definition_cacheのデフォルト値はバージョンによって異なるようです。最小値の400で十分だと判断しました。
MySQLをWordPressで使っている場合、performance_schemaは不要らしいのでOFFに変更します。
$ sudo vi /etc/my.cnf
[mysql.d]
# 以下を追記
table_definition_cache = 400
performance_schema = 0
MySQLを再起動します。
$ sudo service mysqld restart
もう一度メモリ使用率を確認してみます（抜粋）。
$ top
PID USER PR NI VIRT RES SHR S %CPU %MEM TIME+ COMMAND
2184 mysql 20 0 988316 39292 8620 S 0.0 7.9 0:00.23 mysqld
劇的にというわけではありませんが、わずかながら変化はありました。
PHP-FPM
そもそもPHP-FPMは再起動を行わないとプロセスが肥大化していくそうです。なので先述のように大量のプロセスが残存していたんですね。
PHP-FPMの設定で考慮すべきは以下の3つです。
pm：プロセス数の制御（dynamic→static）pm.max_children：プロセスの最大起動数（50→2）pm.max_requests：プロセスを再起動する処理リクエスト数（変更なし）
$ sudo vi /etc/php-fpm.d/www.cnf
pm = static
pm.max_children = 2
pm.max_requests = 500
PHP-FPMを再起動します。
$ sudo service php-fpm restart
もう一度メモリ使用率を確認してみます。
$ top
PID USER PR NI VIRT RES SHR S %CPU %MEM TIME+ COMMAND
2024 nginx 20 0 436020 46908 6764 S 0.0 9.4 0:01.27 php-fpm
2025 nginx 20 0 352424 44100 4128 S 0.0 8.8 0:01.64 php-fpm
2184 mysql 20 0 988316 39292 8620 S 0.0 7.9 0:00.23 mysqld
15424 user 20 0 696296 38560 3084 S 0.0 7.7 5:00.91 ruby
15425 user 20 0 696428 31460 2900 S 0.0 6.3 5:05.64 ruby
2023 root 20 0 314748 10540 6568 S 0.0 2.1 0:00.08 php-fpm
16310 nginx 20 0 125024 2968 1676 S 0.0 0.6 0:17.25 nginx
1 root 20 0 191188 2764 1568 S 0.0 0.6 23:59.64 systemd
1942 root 20 0 116680 2764 1108 S 0.0 0.6 0:00.12 bash
2215 root 20 0 161888 2148 1544 R 0.4 0.4 0:00.03 top
637 root 20 0 550136 1960 1120 S 0.0 0.4 17:56.73 NetworkManager
1841 user 20 0 116692 1796 228 S 0.0 0.4 0:00.04 bash
1840 user 20 0 158872 1744 380 S 0.0 0.3 0:00.16 sshd
PHP-FPMのプロセス数は減りました（再起動したからだと思いますが）。
RailsアプリとWordPressにアクセスしてみると、処理時間がかなり短縮されているように感じました。
MySQLが突然停止する事象については経過を観察する必要があるので、後日また確認して追記したいと思います。
追記
設定変更から一週間が経ったので経過を追記します。
設定を変更したことによってMySQLが突然停止することはなくなりました。また、Webアプリへのアクセス時間も問題が起こっていた頃と比べてだいぶ早くなった気がします。
最後にtopコマンドの結果を見てみます。
top - 16:25:56 up 285 days, 5:07, 1 user, load average: 0.00, 0.01, 0.05
Tasks: 84 total, 2 running, 82 sleeping, 0 stopped, 0 zombie
%Cpu(s): 0.0 us, 0.3 sy, 0.0 ni, 99.7 id, 0.0 wa, 0.0 hi, 0.0 si, 0.0 st
KiB Mem : 498796 total, 13792 free, 347276 used, 137728 buff/cache
KiB Swap: 2097148 total, 1852836 free, 244312 used. 119544 avail Mem
PID USER PR NI VIRT RES SHR S %CPU %MEM TIME+ COMMAND
15425 user 20 0 696428 82984 3152 S 0.0 16.6 5:16.84 ruby
15424 user 20 0 696296 80736 3024 S 0.0 16.2 5:12.14 ruby
3114 nginx 20 0 452956 60456 5400 S 0.0 12.1 14:06.64 php-fpm
3113 nginx 20 0 450764 58340 5388 S 0.0 11.7 14:10.82 php-fpm
2346 mysql 20 0 1012016 27008 3880 S 0.0 5.4 6:49.69 mysqld
15418 user 20 0 680540 11848 464 S 0.0 2.4 1:57.21 ruby
18061 root 20 0 158868 5680 4340 S 0.0 1.1 0:00.01 sshd
18065 user 20 0 116692 3268 1708 S 0.0 0.7 0:00.04 bash
637 root 20 0 550136 3232 2116 S 0.0 0.6 18:16.95 NetworkManager
4200 nginx 20 0 124708 3204 1604 S 0.0 0.6 0:15.19 nginx
1221 root 20 0 247336 2636 2068 S 0.0 0.5 31:17.44 rsyslogd
1 root 20 0 191188 2608 1500 S 0.0 0.5 24:25.78 systemd
18064 user 20 0 158868 2424 1088 S 0.0 0.5 0:00.04 sshd
18158 user 20 0 161888 2208 1604 R 0.0 0.4 0:01.06 top
344 root 20 0 35384 2108 1968 S 0.0 0.4 5:19.78 systemd-journal
3112 root 20 0 314748 1896 108 S 0.3 0.4 0:36.32 php-fpm
529 dbus 20 0 60328 1108 752 S 0.0 0.2 15:31.16 dbus-daemon
503 polkitd 20 0 718692 1072 432 S 0.0 0.2 2:08.54 polkitd
504 root 20 0 26512 980 804 S 0.0 0.2 6:48.35 systemd-logind
1715 root 20 0 102896 892 664 S 0.0 0.2 0:00.62 dhclient
941 root 20 0 574204 672 188 S 0.0 0.1 61:44.03 tuned
4199 root 20 0 121644 616 28 S 0.0 0.1 0:00.00 nginx
534 chrony 20 0 117804 560 420 S 0.0 0.1 0:55.51 chronyd
514 rpc 20 0 69340 484 336 S 0.0 0.1 1:12.58 rpcbind
1227 root 20 0 126320 444 336 S 0.0 0.1 5:44.70 crond
mysqldは相変わらずですが、php-fpmは設定変更（常駐プロセス数の抑制）してからの状態を維持しています。このことから、今回の事象はphp-fpmが原因だったということでしょう。
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